Клиническая специализация доктора В.Шэфера: радиационная кардиология, неврологическая радиационная медицина, онкологическая радиационная визуализация и терапия доброкачественных и злокачественных заболеваний щитовидной железы.

Наряду с разнообразной деятельностью в области разработок радиационно-радиологических методов профессор Шэфер одним из первых в Германии получил сертификацию в области техники ПЭТ и с тех пор является экспертом и экзаменатором в этой области. Под его руководством в 2007 г. в Университетской клинике Аахен, где профессор 3 года занимал пост и.о. директора Клиники радиационной медицины, впервые в Германии была установлена ПЭТ-КТ с TOF-техникой. Ежегодно в клинике, возглавляемой профессором в настоящее время, проводится до 4 000 сцинтиграфий миокарда с высочайшим качеством визуализации сосудов сердца.
О научных достижениях профессора Шэфера свидетельствуют не только более 50 монографий в международных специализированных журналах и более 100 докладов, но также 3  научные премии и членство в научном Комитете Немецкого общества радиационной медицины на ежегодных конференциях.
Проф.Шэфер является членом Европейской рабочей группы по разработке концепций развития ядерной медицины на ближайшее десятилетие.